Soltanto nel 1732 la chiesa assunse il titolo di "Madonna delle Grazie" ancora oggi in uso. In precedenza, sul finire del secolo XVI, era indicata come «Madonna dell’ospedale di Magione», mentre in un inventario del 1582 appare intitolata addirittura a S. Clemente. Al di là dei diversi modi di indicare la struttura religiosa, è il caso di evidenziare come l’ospedale a cui era annessa è menzionato nel 1334 come «ospedale dei poveri» e come nel 1371 doveva provvedersi alla costruzione della chiesa, nello stesso anno in cui fu realizzato anche il pregevole affresco che si trova al suo interno (v. L’affresco della chiesa della Madonna delle Grazie). L’ospedale, nato nei primi anni del Trecento se non addirittura sul finire del secolo precedente, si ingrandì nel volgere di pochi decenni grazie a lasciti e donativi di varia natura tra i quali è da ricordare una casa con vari chiostri e piazzole donata nel 1348. La nascita dell’ospedale si deve alla confraternita maschile di S. Maria dei Pescatori che, a quanto risulta dalla documentazione, lo gestiva alla metà del Trecento. Nel corso dei due secoli successivi l’ospedale, che come la chiesa era di patronato laico, accrebbe notevolmente il proprio patrimonio, ma ciò non impedì, nel secolo XVIII, la perdita più o meno lenta, da parte della struttura ospedaliera delle sue prerogative, cui seguì la definitiva soppressione. Dopo l’alienazione di quanto rimaneva della struttura ospedaliera, in parte era stata abbattuta sul finire del secolo XIX per la realizzazione della strada Perugia – Cortona (v. corso Raffaele Marchesi), è rimasta di proprietà del comune la sola chiesa e il campanile.

Per quanto concerne la chiesa occorre rilevare come, nel corso degli anni, abbia subito varie modifiche, sia al suo interno che all’esterno. Tra queste ultime è da ricordare la realizzazione del campanile nel 1720 e la facciata. Questa, ancora all’inizio del secolo XIX, aveva due ingressi in luogo dell’attuale ingresso unico, realizzato nel biennio 1828-1829. All’inizio del Novecento si ebbero ulteriori restauri promossi da don Rinaldo Veracchi. All’interno di questa chiesa si conservavano le reliquie di S. Clemente e S. Vittoria, custodite in un’urna in legno dorato, la stessa che attualmente si trova nella chiesa parrocchiale. È interessante notare come l’urna sia stata provvista di quattro serrature le cui chiavi erano custodite una ciascuno dal parroco di S. Giovanni, dal cappellano della chiesa della Madonna delle Grazie, dal rappresentante della locale comunità e da un santesio dell’ospedale – è con il termine santese o santesio che erano indicati coloro che si occupavano di questa struttura ospedaliera –.