Nonostante la storia non si basi sulle leggende, in questo caso reputo di una certa importanza muovere proprio da una di queste, quella inerente il miracolo che sta alla base dell’erezione del santuario narrando in maniera sintetica una delle versioni di cui sono a conoscenza. A quanto sembra una bambina – o una donna – si recò presso la fonte che si trovava nel luogo dove poi fu eretta la chiesa ad attingere acqua e, mentre riempiva il suo recipiente, le comparve la Madonna. Tornata a casa raccontò dell’apparizione e se vi fu chi le credette vi fu anche chi la derise chiedendole di provare quello che diceva. Tornata alla fonte la bambina raccontò dell’incredulità della gente alla Vergine che le disse di riempire il recipiente che aveva con sé e collocarlo rovesciato sulla testa. Quando tornò da chi non la credeva con la brocca piena nonostante fosse rovesciata, si può ben immaginare lo stupore della gente. Tutti credettero all’apparizione e si prodigarono per costruire la chiesa. Accanto a questa, che resta pur sempre una leggenda, sta un altro elemento, riportato nel lavoro di G. Belforti e A. Mariotti, che occorre subito evidenziare: l’edificazione dell’edificio religioso si ebbe sul finire del Quattrocento, presso una struttura religiosa in rovina su un muro della quale era dipinta una Madonna. Questa struttura, probabilmente, era quanto rimaneva della chiesa di S. Maria de Fonnicis, nei pressi dell’insediamento di villa Fontince – da identificare nell’attuale vocabolo catastale Fonticchio vicino Montecolognola – variamente attestato nella seconda metà del secolo XIII, quando con altri piccoli nuclei abitati sparsi all’intorno, Torricella nonché gli scomparsi Cerbasciano e Mandelle, costituiva una comunità a tutti gli effetti. Questa chiesa, durante i lavori di edificazione del castello di Montecolognola e dopo la spaccatura dell’unità religiosa locale con la costruzione della chiesa di S. Giovanni Battista in Pian di Carpine – Magione –, costituì il punto di riferimento religioso per quanti attendevano alla detta edificazione tra i quali, neanche a dirlo, vi furono anche abitanti degli altri piccoli insediamenti. Per circa un cinquantennio la chiesa svolse funzioni parrocchiali, fino a quando non si costruì quella di S. Maria Annunziata all’interno del castello. Tale erezione finì per relegare S. Maria de Fonnicis sempre più ai margini della vita religiosa della nuova comunità e l’edificio cominciò a rovinarsi finché il degrado non risultò pressoché definitivo. Nessuno di coloro che la videro rovinare più o meno lentamente avrebbe mai immaginato che dopo un paio di secoli questa chiesa sarebbe tornata a vivere.
La struttura realizzata tra la fine del secolo XV e i primissimi anni del successivo, fu unita alla compagnia del Santissimo Crocifisso di Montecolognola fin dal 1498 e nel 1504 furono i confratelli di questa che la concessero ai frati conventuali di S. Francesco di Perugia. Fu in questo periodo, ai primi del Cinquecento, che la chiesa assunse le caratteristiche di un complesso religioso di una certa consistenza che, ancora oggi, la connotano. La lapide apposta alla destra dell’ingresso attuale, in cui si legge la seguente iscrizione 1508 F[ECIT] CO[MMUN]I[TAS] MO[NTIS COLONIOL]E, a mio avviso attesta l’anno in cui, probabilmente, furono ultimati i lavori di trasformazione dell’edificio in convento. Tracce di ampliamento del complesso originario, possono leggersi agevolmente all’esterno della parete settentrionale dell’asse longitudinale della chiesa. Sempre ai francescani si deve l’erezione del dossale in arenaria che fa da sfondo all’altare e realizzato nella seconda metà del secolo XVI al massimo nei primi anni del successivo. Dietro di esso, infatti, si trova un affresco sul quale vi è la data 1608. Ma la presenza francescana non era comunque destinata a durare a lungo e con essa doveva finire una parte importante della storia di questa struttura. Quando intorno alla metà del Seicento, il convento fu soppresso da Innocenzo X (1644-1655), la chiesa finì per essere ridotta ad una semplice cappellania. Tra la fine del secolo XVIII e l’inizio del successivo la struttura era «quasi diruta», ma il suo cappellano, don Vincenzo Agostini, impedì che si fosse rovinata del tutto. Costui risistemò l’abitazione e demolì il colonnato del chiostro sul quale posavano le camere monastiche. Nella prima metà dell’Ottocento il parroco di Magione, don Vincenzo Massini, godeva di questa cappella che, probabilmente, già era assurta a santuario; non a caso in quel periodo la chiesa era «frequentata il lunedì di Pasqua» e la domenica successiva da molta gente che si recava «a lucrare le indulgenze quivi concesse».