Dopo l’89 a.C., con la concessione della cittadinanza da parte di Roma a tutte le città italiche, si concluse anche nel territorio perugino un processo di "romanizzazione” già da tempo avviato: Perusia divenne municipio, assegnato alla tribù tromentina. L’età romana fu indubbiamente un’epoca particolarmente fortunata per le campagne attorno a Magione, compiendosi definitivamente quello sviluppo delle potenzialità agricole già iniziato in età ellenistica. Lo sfruttamento dei terreni si fece più capillare, basandosi su una serrata parcellizzazione che andò di pari passo con un più sicuro e mirato intervento di bonifica nelle aree a diretto contatto con i corsi d’acqua della zona: vicino al lago e nelle campagne dell’entroterra magionese nacquero numerose "fattorie” di piccole dimensioni, realtà abitative di carattere rurale legate a nuclei familiari ben precisi. Nonostante ad oggi manchi ogni documentazione relativa ad attività di centuriazione e divisione di terreni, un riflesso molto forte di questo fenomeno di "riorganizzazione” è fornito dalla toponomastica, la quale mostra la presenza di una miriade di toponimi prediali riconducibili ad antichi proprietari fondiari. La cospicua messe di rinvenimenti di età romana permette, dal canto suo, di tracciare con relativa attendibilità topografica un quadro della distribuzione dei siti nel medesimo torno di tempi.
Per quanto riguarda l’area in cui oggi sorge il centro abitato di Magione, si è a conoscenza del rinvenimento di tombe di epoca romana, utilizzate da coloro i quali abitavano gli insediamenti rurali distribuiti lungo il versante orientale del promontorio magionese e lungo la strada che oggi conduce a Castel Rigone. La fertile piana che si apre ad est, verso Corciano, attraversata dall’asse viario Perugia-Cortona, era circondata da diversi nuclei abitati, spesso nati in luogo dei vecchi insediamenti etruschi. Uno di questi si trovava nei dintorni di vocabolo Ventinella, dove è stata anni fa rinvenuta una sepoltura "alla cappuccina”. Una "villa” rustica era poi verosimilmente istallata sulla sommità di Monte Bitorno, dove sono emersi dal terreno laterizi di epoca romana; un’altra doveva trovarsi proprio dirimpetto, tra Monte Melino e Monte Sperello, dove sono testimoniate tracce di sepoltura. Attorno alla zona pianeggiante a sud di Magione, oggi attraversata dalla S.R. 599, gravitavano poi non solo la "fattoria” collocabile lungo il versante meridionale del colle dove sorge il paese, ma anche altre simili realtà, variamente distribuite tra il fianco occidentale del Monte Penna e quello orientale delle colline che separano ancora oggi Magione dal Trasimeno.
Nel comparto del territorio comunale prossimo al lago, sia la toponomastica che i dati archeologici permettono di collocare diversi siti abitativi romani: alcuni sorsero ancora in luogo o nei pressi dei vecchi insediamenti etruschi, come a San Savino e Colle Castelluccio; altri, invece, si stabilirono in aree di nuova antropizzazione. Nei dintorni di Torricella, per esempio, sono state in più occasioni individuate tracce di frequentazione stanziale databili a questo periodo, da riferire ad una "villa” di carattere rurale e piscatorio; altre realtà affini sorsero anche presso Montecolognola e Monte del Lago. La capillarizzazione del popolamento nell’area rivierasca, che ne fa da sfondo, coinvolse pure il vicino territorio di San Feliciano: oltre alle monete imperiali rinvenute nel 1961, anche il sito dell’antichissimo villaggio villanoviano ha restituito diverso materiale di età romana. Inoltre, senza dubbio, una villa rustica doveva occupare i terreni più a sud-est, lungo il versante lacustre delle colline verso San Savino.
Per quanto concerne infine l’area che lambisce il limite meridionale del territorio comunale, quella attraversata dalla strada Perugia-Chiusi, un tratto della via Amerina, particolare fortuna ebbero le campagne attorno a Monte Buono, Monte Marzolana e Agello: la stessa denominazione di quest’ultimo borgo deriva dal latino agellus (campicello, piccolo campo), toponimo certamente nato in età romana e fissatosi nelle epoche successive. Dal punto di vista prettamente archeologico, di particolare interesse è l’iscrizione latina rinvenuta anni fa proprio nei dintorni di Agello, nella quale è menziona la tribù tromentina.
Ciò che emerge, dunque, per l’età romana, è un concentrarsi del popolamento attorno alle piane coltivabili oltre che lungo alle sponde del Trasimeno, secondo una logica riscontrabile, seppure in maniera leggermente più tenue, anche per la tarda epoca etrusca. La gente del luogo vedeva così ancora soddisfatte tutte le proprie esigenze di sussistenza, potendo praticare in maniera ora più produttiva sia l’agricoltura, che la pesca e l’allevamento. Inoltre le vaste aree boschive collinari presenti nel territorio, delle quali spesso si dimentica il ruolo essenziale nell’economia antica, fornivano legna, risorse di vario genere e costituivano spesso zone utili per la "gestione” del bestiame selvatico: non a caso un tratto delle colline a nord di San Savino veniva chiamato, ancora nel secolo XIV, Mons Leporalius o Mons Leporaius, dove il termine latino originario, leporaria, identificava in antico «boschi cintati per animali selvatici».
Che fine hanno fatto, in questo contesto, gli antichissimi luoghi di culto sparsi nel territorio magionese? Di certo continuarono per tutta l’età romano-imperiale a ricoprire il loro ruolo sacrale: tuttavia anch’essi cedettero gradualmente ai mutamenti religiosi e socio-economici che caratterizzarono la tarda antichità e i secoli iniziali del medioevo. Di quelle arcaiche strutture non rimase che qualche rudere abbandonato, lentamente nascosto ed offuscato dal tempo. Parallelamente, anche le tracce di coloro i quali abitarono e frequentarono nell’antichità le pianure e le colline ad est del lago si dissolsero, riducendosi a malridotti oggetti di vita quotidiana sparsi sui campi e destinati spesso a passare inosservati all’occhio sempre più distratto dell’uomo moderno.